Олександр рушив на південь, де древній Вавилон і Суза, одна зі столиць Перської імперії, відкрили йому свої ворота. Перські сатрапи, втративши віру в Дарія, стали переходити на службу до царя Азії, як стали величати Олександра.
З СУЗ Олександр через гірські переходи попрямував до Персеполю, центру споконвічно перської землі. Після невдалої спроби прорватися з ходу Олександр з частиною свого війська обійшов загони сатрапа Персії Аріобарзана, і в січні 330 до н. е.. Персеполь упав.Македонська армія відпочивала в місті до кінця весни, а перед відходом палац перських царів був спалений. За знаменитої легендою пожежа організувала гетера Таїс Афінська, коханка воєначальника Птолемея, подзадорів п'яну компанію Олександра з його друзями.
У травні 330 до н. е.. Олександр відновив переслідування Дарія, спочатку в Мідії, а потім у Парфії. У липні 330 до н. е.. на південний схід від Каспійського моря цар Дарій був убитий в результаті змови своїх воєначальників. Бактрійскій сатрап Бесс, який вбив Дарія, назвав себе новим царем Перської імперії під ім'ям Ахашверош. Бесс намагався організувати опір у східних сатрапії, але був захоплений соратниками і виданий Олександра в червні 329 до н. е.. Після смерті Дарія III його титул царя Перської імперії легально (в очах підданих імперії) перейшов до Олександра. Почалася нова елліністична епоха в історії східних держав.